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Bonaparte renverse le Directoire lors de la fameuse journée du 18 brumaire an VIII (9 novembre 1799) et se fait nommer Premier consul. Le Comité central de Vaccine Guillotin poursuit ses recherches en médecine. Il fut un des plus importants membres du Comité central de Vaccine ainsi que de la Société pour l'extinction de la petite vérole et s'attache, dès 1799, à propager la pratique de la vaccination contre la variole dont il est un des plus ardents propagandistes français avec Pinel.
Le 11 mai 1800, les souscripteurs élisent les médecins d'un Comité central de vaccine, Guillotin en est le président, Pinel le vice-président. Le 18 février 1801, le comte Nicolas Frochot, ex-constituant et préfet de la Seine, apporte l'appui officiel à ces initiatives privées en inaugurant l'Hospice spécial pour l'inoculation de la vaccine. Des écoles et des régiments se font vacciner. Le clergé profite des prêches du dimanche pour encourager les fidèles à la vaccination. Les adversaires de Guillotin sont contraints de reconnaître les résultats incontestables. Jean-Antoine Chaptal fonde la Société pour l'extinction de la petite vérole en France par la propagation de la vaccine, qui a pour vocation de diriger et de coordonner les efforts de tous les comités de vaccine de France. Guillotin obtient de Joséphine de Beauharnais, une entrevue avec Bonaparte le 23 octobre 1803, qu'il tente de convaincre du bienfait de la vaccination contre la petite vérole.
L'année 1804, année du sacre, Guillotin fait une démarche auprès du Saint-Père, car le Comité se heurte à l'hostilité grandissante du clergé, qui voit sa cause dans l'origine "anglo-anglicane" du vaccin. Pie VII répond qu'il approuve les généreux travaux des membres du Comité de vaccine et promet d'intéresser la Chrétienté à une aussi belle découverte.
Au mois de mai 1805, Guillotin reçoit le soutien de Parmentier, qui impose jusqu'en 1813, l'obligation de la vaccination contre la variole autant chez les civils que chez les soldats de la Grande Armée. Le docteur Larrey se montre très dévoué dans l'innoculation des soldats de l'Empereur. Napoléon fait vacciner son fils le roi de Rome le 11 mai 1811.
La première Académie de Médecine Il rencontre son plus grand succès sous le Consulat en faisant diffuser dans l'Europe entière la vaccination contre la variole.
La création du conseil de salubrité du département de la Seine le 18 messidor an XI (7 juillet 1802) permit à l’administration de disposer d’un organisme de consultation stable. Les communes doivent à présent pourvoir à l'alimentation en eau potable des habitants et doivent dresser la liste des établissements "insalubres et dangereux" (parmi lesquels on trouve les boucheries, les équarrisseurs, les abattoirs, les manufactures de produits chimiques ou les mines, les tannages et teintureries). Les communes doivent également porter assistance aux pauvres et gérer les hôpitaux - d'où la nomination aujourd'hui encore du maire de la ville comme président du Conseil d'administration de l'hôpital local - et distribuer des secours et des médicaments aux indigents. Les communes sont tenues d'avoir des médecins à leur service, chargés d'informer le préfet de l'état de santé de la population, des épidémies et des épizooties.
En 1803, avec Fourcroy - Directeur de l'Instruction Publique, - il parvient à faire voter une loi sur l'exercice de la médecine:
• La loi du 19 ventôse an XI (10 mars 1803) instaura des écoles de médecine. La distinction est abolie entre médecins et chirurgiens. La médecine comportait désormais deux niveaux : celui des docteurs, issus des écoles de médecine devenues facultés en 1808 et dont le titre conférait le droit d'exercer la médecine et la chirurgie sur tout le territoire ; celui des officiers de santé, pratiquant une médecine restreinte après des études plus brèves. Jusqu’en 1855, les officiers de santé sont reçus par des jurys médicaux dans les départements. L’officier de santé ne pouvait exercer que dans les limites du département où il avait été reçu. L’officiat de santé est aboli en 1892.
• Dans le même temps la loi du 21 germinal an XI (11 avril 1803) confie à l'Etat, le monopole de l'enseignement de la pharmacie en créant trois écoles à Montpellier, Paris et Strasbourg. C'est pour conserver leur activité de société savante et pour maintenir les liens de confraternité en France et à l'étranger, qu'ils créent quatre mois plus tard, le 15 thermidor An XI (3 août 1803), la Société de Pharmacie de Paris, dont le premier président fut Parmentier.
Le rôle de Guillotin dans l'histoire de la médecine ne s'arrête pas là. L'idéologie sociale irraisonnée de l'époque provoqua une crise au sein de la médecine hospitalière au profit d'une médecine libérale dans laquelle des individus mal formés distribuaient des soins inconsidérés.
Pour "réparer l'état de sûreté publique compromise depuis 1789", Guillotin fonde la toute première Académie de médecine de France, chargée de poursuivre les travaux de la Société royale de médecine et d'éclairer la science sur toutes les questions d'hygiène publique. Avec des confrères parisiens réunis le 27 septembre 1804, ils fondent l'Académie de médecine de Paris. La première séance se tient en octobre. On trouve autour de Guillotin : Bourru, Desessartz, Sédillot, Léveillé, Legallois et Bosquillon. Le baron Antoine Portal fait également partie des membres; il sera à l'origine du déclin de cette première Académie de médecine. Après le sacre de Napoléon, le 2 décembre 1804, on décide de substituer le nom d'Académie Impériale de médecine à celui d'Académie de médecine. L'Académie de médecine se réunit dans la chapelle désaffectée de la congrégation des pères de l'Oratoire, elle s'occupe de tout ce qui peut contribuer aux progrès de l'art de guérir, elle est mentionnée dans l'almanach impérial en 1808, dans lequel elle signale l'adhésion d'un total de 382 membres . Le 31 décembre 1807, s'appuyant sur de futiles prétextes, Bosquillon démissionne; en 1810, elle est mentionnée comme Société Académique de médecine, Portal claque la porte entraînant avec lui Sédillot et crée une nouvelle Société en juin 1811, le Cercle Médical. Désormais Portal n'a qu'un but : détruire l'Académie de médecine de Guillotin. Les deux sociétés coexisteront jusqu'en 1819 (cinq ans après la mort de Guillotin). Le 20 décembre 1820, Louis XVIII, à la demande de son premier médecin, le baron Antoine Portal, crée l'Académie royale de médecine (chargée de continuer les travaux des trois sociétés : la Société Royale de Médecine, l'Académie Royale de Chirurgie et la Société de la Faculté de Médecine), pour rassembler l'élite des médecins et des chirurgiens français.
Par ailleurs la fin de l'Empire verra le début de l'utilisation des statistiques dans le domaine de la médecine.
Le dernier combat Depuis début 1812, Guillotin est fatigué, il écrit à un ami : "…les forces vont en diminuant sensiblement de jour en jour, mais c'est le cours ordinaire et naturel des choses…" Il ne renonce pas au Comité de vaccine, continue à gérer ce qu'il reste de la Société Académique de médecine et intervient, en vain, pour faire transformer son ancien collège de Jésuites à Saintes en lycée impérial.
Après une longue période de surmenage, Guillotin meurt, d'un anthrax à l'épaule gauche, à Paris le 26 mars 1814. Il est inhumé au cimetière du Père Lachaise.
Comble de malheur pour cet homme plein de compassion, l'imaginaire collectif donna, à un instrument de mort, le nom de guillotine, qu'il ne cessera d'appeler "la tache involontaire de ma vie".
C'est ce qui fera dire à Victor Hugo : "Il y a des hommes malheureux. Christophe Colomb ne peut attacher son nom à sa découverte; Guillotin ne peut détacher le sien de son invention".
Sources: - Le docteur Guillotin, Bienfaiteur de l'humanité Par Henri Pigaillem. Paris, Pygmalion, 2004. In-8° broché, 246 p.,
- Histoire de la Médecine par Maurice Bariéty et Charles Coury, Les grandes Etudes Historiques Fayard Editeur 1963.
- Histoire de la Médecine Française par Professeur Jules Guiart, Editions Nagel 1947.
- La découverte médico-chirurgicale de la Révolution par Gilles Haroche JIM/134
- Ce bon Docteur Guillotin par Soubiran. 1962.
- Discours prononcé par Bourru, E.C. le 28 mars 1814, jour des obséques de M. Guillotin. Paris, Plassan.
- Discours prononcé dans la Séance générale de la Société Centrale établie pour l'Extinction de la Petite Vérole en France. Paris, Imp. impériale, 1805.
- Le Docteur Guillotin. Le Progrès Médical. Juilllet 1938, pp. 17-24;
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