# PDB (단백질정보파일형식)

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PDB 파일 형식은 텍스트로 된 파일 형식으로 단백질정보은행에 실려있는 분자들의 3차원 구조를 설명하는데 사용된다. 이 파일은 원자들의 위치정보들과 서열정보, 그리고 구조를 정하고 주석을 달은 연구자들에 대한 정보를 포함한다. 이 파일에는 파일상의 정보를 이해하는데 적합한 추가적인 정보가 수록될 수 있다.

PDB는 시간이 지나면서 많은 변화와 교정을 거쳐왔다. PDB 파일형식의 시초는 컴퓨터 천공카드의 폭에 의해 기록되었다.

- PDB 형식 안내자 2.3- wwPDB에 의해 마련되었다. 이곳에서 PDB 형식의 명세서를 찾을 수 있으며, 이는 가공되지 않은 자료를 보기전에 필수적으로 읽어야 한다.
- 최근의 PDB는 PDB 자료를 XML 형식인 PDBML 형식으로 표현하는 것을 지원하고 있다.
- ftp.rcsb.org에서 가공되지 않은 자료를 볼 수 있다. 이 사이트는 KAIST에서 미러를 제공하고 있다.
- PDB 형식의 파일들은 HTTP를 통해서 다음 URL로 받을수 있다. 가령 PDB 코드가 1L2Y인 단백질의 PDB를 http://www.pdb.org/pdb/files/1l2y.pdb.gz에서 받을 수 있다.
- XML 형식인 PDBML파일들은 HTTP를 통해서 다음 URL로 받을수 있다. 가령 PDB 코드가 1L2Y인 단백질의 PDBML을 http://www.pdb.org/pdb/files/4hhb.xml.gz에서 받을 수 있다.
- RCSB 외에 PDB 파일을 구할 수 있는 대체적 장소로 ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rcsb/가 있다.
- PDB에 대한 통계자료는 www.pdb.org에서 구할 수 있다.

이 외에도 PDB 서식는 단백질이나, 핵산의 구조에 한해서만 사용되지 않고, 기타 다른 분자. 가령 인공중합체 등의 구조를 설명하는 데에 대해서도 적용되고 있다. 이 PDB 형식은 많은 문제의 원인이 되었고, 그 결과 몇개의 '대청소'프로젝트가 생겨났다.

- NCBI 의 분자 모델링 데이터베이스
- 유럽생물정보학연구소의 거대분자 구조 데이터베이스
- RCSB의 자료 균일화 프로젝트

원본 주소 ‘http://ko.wikipedia.org../../../p/d/b/PDB_%28%EB%8B%A8%EB%B0%B1%EC%A7%88%EC%A0%95%EB%B3%B4%ED%8C%8C%EC%9D%BC%ED%98%95%EC%8B%9D%29_72a0.html’

분류: 생물정보학 데이터베이스 | 파일 포맷

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